A avaliação das candidaturas apresentadas está a cargo da Comissão Externa de Avaliação de Projetos de Investigação, que é constituída por duas subcomissões, uma dedicada à área da Oncologia e outra focada na área da Virologia, constituídas por peritos que serão os responsáveis pela apreciação da qualidade, pertinência e caráter inovador dos projetos candidatos segundo critérios de avaliação previamente estabelecidos.